質問がありましたのでお答えします。
費用請求される可能性は十分あります。
ただし、そうそう常識に外れて高額な費用請求はやりすぎだろう、と考えるのが妥当、と思われます
オートロック（逆マスター）の仕組み
オートロックは、一般的に、「逆マスター」と呼ばれる鍵が採用されています。
逆マスターとは？
オートロックが、自宅の鍵で開けられる、というタイプの鍵です。
201号室の鍵 → オートロック＋201号室が開く
202号室の鍵 → オートロック＋202号室が開く
となりますが、201号室の鍵で202号室は開きません。
「誰でも玄関の鍵でオートロックが開けられるので、鍵を二本持ち歩く必要がなくて楽だよね」という仕組みです。
さて、この鍵をなくすとどうなるでしょうか？
例えば、201号室の鍵をなくした場合を考えてみます。
201号室は、新しい鍵を作成し、取り替えれば良いです。これで201号室のセキュリティは守られます。
しかし、元201号室の鍵が、悪意のある第三者の手に渡った場合、「元201号室の鍵」で「201号室」は開きませんが、オートロックは開きます。
これを解決するには、マンションすべての住戸の鍵を交換することになり、膨大な費用が必要です。
（鍵の種類、数にもよりますが、1戸あたり2万円～5万円程度の費用が必要）
この費用を、鍵を紛失した個人に請求されますか、という問題ですね。
（かなり不安ですよね！）
損害の負担割合
個人の負担割合は、鍵を一つ紛失したことの過失具合、発生するリスクなどを勘案して決定すべきだと考えられます。
一般的に、オートロックのセキュリティはさほど高いものではない（単に、住人について入れば突破可能）、という点や、鍵の紛失・盗難は注意していていも誰にもでも発生しうる、ということなど。
これらを総合的に考えると、「オートロックが突破される確率はそれなりにある」、ということをマンションの住人は理解している”べき”だと考えられます。
そのような環境の中、マンション全戸の鍵交換費用を特定の個人に請求するのは無理があるのでは？というのが、妥当な見解だとは思います。
もし、セキュリティリスクを看過できず、全体の鍵交換を行うことが決定された場合でも、現状の鍵の償却年数や、鍵本体の耐用年数（10年～長くて20年程度）を勘案し、請求は全体の一部となる、これが妥当なラインだと思われます。
ただ、紛失・盗難に過失がないとは言えませんから、費用負担ゼロを声高に主張するのは常識に外れていますし、誠実とは言えません。
いくらかは負担が求められると思われます。
また、これについては、保険が適用される可能性がありますので、一度、ご加入の保険会社さんに問い合わせてみてください。
実務的には？
少なくない確率でたまにあることなので、あまりフロントは気にしていないと思いますが、セキュリティリスクを考えると、最低でも組合に報告してもらうべき、かなー、とは思います。
ただし、具体的対応は取る必要はないかなー、と思います。
前項での話のように、オートロックは容易に突破できる設備であり、そのリスクは常識的に考えて住人は理解すべきだからです。
「オートロック付きだから絶対安心」、は流石に脳天気すぎます。
ここは、あえてフロントが伝える必要はない、と私は思います。（伝え方によっては大騒ぎになる可能性があります）
組合が鍵を変えたいと判断すれば別ですが、そうだとしても、今後、鍵の紛失が再発する確率は決して低くありません。
「鍵の耐用年数がくるタイミングで一斉に鍵を取り替える」くらいが、現実的な落とし所だと思います。
賃貸の場合は？
オーナー、もしくは賃貸の管理会社に確認してください。
最低でも住居の鍵の交換費用は請求されると思われます。
また、将来の鍵の交換費用として、一部、損害金のようなものは請求されるかもしれません。妥当な金額（数万円程度）であれば、素直に支払うのがスムーズかと思います。
ただ、全体の交換費用の請求まではやりすぎでしょう。それは強く抗弁して良いと思いますし、少しゴネれば相手方も譲歩する余地はあると思われます。（賃貸住居での鍵の紛失はよくあることなので）
補足：電子キーの場合
非接触キーの場合は、電子登録を解除すればOKです。
ただし、解除するにも操作盤での操作が必要なので、いくばくかの技術料が発生すると思われます。
（数分で完了する作業なので、そうそう高額なものではないとは思います、出張料＋技術料程度かな、と）
おわり
あくまでも、これは私の意見であり、正解ではありません。
正解は状況によって変化します。ここに書かれたことは、不正確な情報や、配慮不足が想定されます。
必ず、ご自身の事情と照らし合わせて、総合的に判断してください。
